In de Tachtigjarige Oorlog bleef de baronie IJsselstein onafhankelijk. Willem van Oranje had de baronie door zijn huwelijk in 1551 met gravin Anna van Egmond en Buren (1533-1558) en ondermeer vrouwe van IJsselstein, in handen gekregen. Hij liet in 1560 het stadhuis bouwen. Na het Plakkaat van Verlatinghe kon hij het als prins van het soevereine staatje Oranje (Orange) in Frankrijk onder zijn gezag plaatsen.

Het onafhankelijke staatje dat onder het gezag van soevereine prins viel, was daardoor niet schatplichtig aan het graafschap Holland. De dochter van Anna en Willem, prinses Maria van Nassau, die na haar vaders dood tot 1608 de soevereiniteit waarnam voor haar broer prins Filips-Willem van Oranje die gegijzeld in Spanje zat, regelde bij de Raad van State wel dat IJsselstein vanaf 1585 jaarlijks drieduizend gulden ging bijdragen aan de kas van de Unie.

Het mini-staatje op de grens van Holland en Utrecht bleef daardoor niet uit de problemen. De inwoners hadden last van stropende huurlingen die in de schans aan de Meerenhoef in IJsselstein en in Benschop waren gelegerd.

In 1587 gaf het bestuur bij Anna’s halfbroer prins Maurits, die zijn vader als stadhouder had opgevolgd, aan, dat de maat vol was en ze het wel wat overdreven vonden dat ze veertig paarden in de stad moesten onderhouden en soldaten zich spullen toe-eigenden. Sommigen vrouwen en kinderen waren hun huizen al uitgejaagd.

In 1618 overleed Filips-Willem en volgde Maurits hem op als baron van IJsselstein. Toen Maurits stierf in 1625 kreeg zijn halfbroer Frederik Hendrik tot zijn dood in 1647 de soevereiniteit. hij werd opgevolgd door de zoon die hij kreeg met Amalia van Solms, stadhouder Willem II (1626-1650) en diens zoon Willem III (1650-1702). De prinsen van Oranje waren in naam wel heersers, maar bemoeiden zich weinig met de baronie.